大多数艰难梭菌感染被认为是院内获得性的，因此，预防措施多聚焦于有症状的患者、他们直接接触的环境以及合理使用 抗生素。艰难梭菌的人-人传播和环境污染物传播途径已经广为人知，源自有症状患者的横向传播一直被认为是大多数艰难梭菌感染病例的原因，这也是目前预防指 南的基础。然而，艰难梭菌的感染源并非仅限于此，无症状携带者以及更广泛的环境来源，如水、牲畜、宠物、食物，都是艰难梭菌的潜在来源。

    多位点序列分型或核糖体分型可用于测定艰难梭菌的基因型，而全基因组测序却可进一步显示相同基因型的菌株在基因上 的不同。利用全基因组测序，英国牛津约翰•拉德克利夫医院的David Eyre等检测了某一特定地理区域3.6年间所有艰难梭菌感染患者的分离株，对艰难梭菌传播中有症状患者的作用进行了量化，并评估了这一传播途径在几年间 的改变。

    2007年9月到2011年3月，David Eyre等收集了英国牛津郡医院及社区的所有有症状艰难梭菌感染患者的分离株，并对这些菌株开展了全基因组测序，比较分离株之间的单核苷酸变异 （single-nucleotide variants，SNVs）。通过分析145例患者中每例患者最初和最后的样本（采取样本间隔的中位时间为51天），评估出每个基因组每年的进化率为 0.74 SNVs，基于95%预测区间可得出，124天内的预期改变为0 SNVs～2 SNVs。

    1250例艰难梭菌病例中，1223例（98%）被成功测序。2007年9月到2008年3月采集到了266例病 人的分离株，这些是后续艰难梭菌感染的潜在来源。将2008年4月到2011年3月采集到的957份样本与之进行比较后发现，333份样本（35%）与之 前至少1份样本的差异小于2 SNVs，428份样本（45%）与所有之前样本的差异都大于10 SNVs。两组的新发艰难梭菌感染率都随时间逐渐降低，提示针对疾病暴露这一传播途径进行预防是有效的。在333例未超过2 SNVs的患者中，126例（38%）曾与其他感染者有密切院内接触，120例（36%）没有与其他感染者的院内或社区接触史。研究过程中，一直有不同的 感染亚型被发现，提示艰难梭菌的来源相当广。

    在这项研究中，3年期间牛津郡有45%的艰难梭菌病例与之前所有病例在基因上都截然不同。这表明，除了有症状患者外，基因学上不同的来源也在艰难梭菌的传播中起着重要作用。（作者：白蕊)

参考文献：《New England Journal of Medicine》2013;369:1195-1205