致病菌的抗生素耐药性每年在全世界造成了成千上万人死亡。耐药菌和抗生素抗性基因通过人与人的直接接触和环境微生物群的相互作用传播。掌握抗生素抗性基因在人群和环境中的分布和传播特点有助于发现对人类健康威胁最大的微生物群和抗生素抗性基因。然而，以前的抗生素抗性基因研究都走了极端，要么考察发达的工业化地区，要么考察偏远的原始地带，忽略了世界上约有58亿人生活在中低收入国家，还有8亿多人生活在贫民窟。

为填补研究空白，美国华盛顿大学医学院的Erica C. Pehrsson等人调查了两个收入低下资源紧缺的拉丁美洲地区——萨尔瓦多某个村庄和秘鲁利马某个乡镇，当地居民住房拥挤，用水紧张，环境卫生条件差，使用抗生素不必经医生同意，病原体传播的风险很大。研究者在两年内招募了27户115人，采集了263份大便标本和209份环境标本，利用16S测序、高通量筛选功能基因和全基因组鸟枪法测序等先进技术比较微生物种群及其相关的抗生素抗性基因的体系结构。

结果显示，不同生境中的抗生素抗性基因一般通过生态梯度中的细菌种系发育构成，一些核心抗性基因存在于人类、动物和环境等不同的生境中，其移动潜力与可动遗传因子（mobile genetic elements）和多药耐药集群（multidrug resistance clusters）有关。由人类粪便引起的抗生素抗性基因在下水道中最多，公共厕所次之，土壤中最少，实施排泄物管理办法后土壤中的抗生素抗性基因减少得最多，公共厕所次之，下水道的情况没有变化。

这些虽然是拉丁美洲贫困地区居民粪便与环境中的微生物群和抗生素抗性基因的特点，但与全球公共卫生息息相关。以后还需要进一步研究耐药菌和抗生素抗性基因的影响因素，尤其要对医院和大型养殖场等高危环境进行实时分子监控。（作者：邱梅)

参考文献：Nature 2016;533:212-216