人类基因组为双倍体，了解每条染色体上的遗传变异对于阐释基因组信息具有重要作用。2015年5月，深圳华大基因研究院的科研人员在《自然•生物技术》杂志发表文章称，他们首次从头组装了迄今为止最完整的单倍体水平的人类二倍体基因组。

在下一代测序(next-generation sequencing，NGS)和层次组装（hierarchical assembly）方法的基础上，华大基因开发了fosmid-pooling策略，结合全基因组鸟枪法策略（whole-genome shotgun strategies），对一个亚洲个体“炎黄一号”（YH）的基因组测序，从头组装了5.15Gb的二倍体基因组，得到了长达484kb的单倍型N50，覆盖了97%的常染色体以及96%的基因区。研究还检测了大量的新的中等大小的杂合子突变（51bp～200bp），确定了许多以前未发现的插入和缺失片段，这是传统的末端配对序列图谱难以或无法完成的。此外，研究还发现了7.49Mb的新的编码序列，其中至少包含6个预测基因；另外有21kb的序列可以在哺乳动物的保守序列区找到匹配的同源序列。

这一单倍体水平的二倍体基因组是全世界迄今为止从头组装的最完整的人类基因组。应用这一方法来确定个体单倍型的差异将有助于认识基因型与表型之间的关系，对个体化医疗和精准医学的发展无疑有着重要意义。（作者：高石）

参考文献：Nature Biotechnology 2015;33:617-622