血液中的无细胞DNA为癌症患者提供了一种非侵入性的诊断途径。然而,目前我们对无细胞DNA的起源特征和分子特征了解甚少。最近,约翰·霍普金斯大学 Kimmel 癌症中心的研究人员对癌症患者全基因组无细胞DNA片段进行了分析,可以检测出 7 种不同类型癌症的存在,这项研究发表在《自然》杂志网络版上。
该团队开发了一种方法来评估基因组中无细胞DNA的碎裂谱,发现健康个体的特征反映了白细胞的核小体模式,而癌症患者的片段模式则不同。研究人员与来自美国、丹麦和荷兰的合作伙伴一起,对来自 208 名癌症患者的无细胞DNA进行全基因组测序,其中包括 54 名乳腺癌患者,27 名结直肠癌患者,12 名肺癌患者,28 名卵巢癌患者,34 名胰腺癌患者,27 名胃癌患者和 26 名胆管癌患者,同时,他们还分析了 215 名健康个体的无细胞DNA。结合了全基因组片段特征的机器学习模型在7种癌症类型中的检测灵敏度从57%到99%以上,特异性为98%,总曲线下面积为0.94。在75%的病例中,碎裂谱可将癌症起源组织鉴定到有限的几个位点。将此方法与基于突变的无细胞DNA分析相结合,可检测出91%的癌症患者。这些分析结果强调了无细胞DNA的重要特性,并为筛选、早期检测和监测人类癌症提供了一种原理验证方法。如果该研究能够得进一步到验证,那就可以用于癌症筛查。从一个人身上抽取一管血液,提取无细胞DNA并研究其基因序列的片段结构。随后,可以将来自该个体的全基因组无细胞DNA片段与健康人群进行比较,以确定这些片段是健康的还是源自癌症。
由于该测试易于管理,并采用简单且廉价的实验室方法,研究人员预计该测试最终可能比其他癌症筛查测试更适用于临床、更具成本效益。(作者:杜泽一)
参考文献:Nature 2019;570:385-401